С начала накопления осадочного чехла Непско-Ботуобинская антеклиза (НБА) пережила ряд структурных перестроек, коренным образом определивших эволюцию нафтидогенеза. В рифее – раннем венде по периферии НБА развивались контрастные Патомско-Вилюйский и Иркинеево-Чадобецкий прогибы, в которых накапливались многокилометровые толщи осадочного чехла с созданием первичных нефтегазоносных областей в их пределах. Поздний венд и ранний палеозой – время быстрого, но стабильного погружения исследуемой территории с накоплением осадков более 2,5 км, существенную роль в которых играли пласты солей – надежный экран ловушек УВ. Расширились границы смежных нефтегазоносных областей, охватив периферийные части НБА. Формирование Предпатомского складчато-надвигового пояса на рубеже силура и девона резко изменило строение Патомско-Вилюйской нефтегазоносной области, уничтожив основные палеоскопления нефти и газа в ее центре. Часть УВ была отжата в сторону НБА до ее среднепалеозойского шарнира, возникли зоны нефтегазонакопления в авто- и аллохтоне. Результатом раннегерцинского тектогенеза было дробление восточной периферии антеклизы на мелкие блоки с созданием многочисленных ловушек УВ. Позднегерцинская перестройка привела к окончательному структурному оформлению НБА, смещению (до 200 км) ее шарнира к востоку, формированию главной Пришарнирной зоны нефтегазонакопления.